Dokumentarfilmen "Muhammedkrisen under huden" følger de to mest fremtrædende personer i perioden med bål og brand i 2006. Den viser et billede af to menneskers forskellige udgangspunkter og muligheder i forsøget på at forklare årsager og sammenhænge. Ahmed Akkari og Naser Khader repræsenterer på alle måder hinandens modsætninger. Hvor Khader kan navigere i og bruge pressen efter eget ønske, fremgår det tydeligt af denne film, at Akkari ikke selv styrer sin fremtræden i pressen. Han kastes rundt efter journalisternes forgodtbefindende. Han er ikke vant til at være i pressen og fanges i udtalelser og situationer, der ville være svære at håndtere for de fleste.

Khader og Akkari knoklede for at skabe ro og retfærd. På hver deres måde betalte de prisen for at fastholde en krigsretorisk linje over for hinanden og det, den anden står for. I filmen bliver det tydeligt, at de på nogle punkter var lige gode om, at informeringen om og udgangen på denne krise ikke blev hverken smuk eller fremadrettet. Men på endnu flere punkter var Akkari dømt ude, fordi hans udgangspunkt med "danske" øjne var forkert.

I samfundsfag vil filmen være et udmærket partsindlæg i et forløb om selve krisen. Ligeledes kan filmen bruges i arbejdet med mediernes rolle i samfundet og ikke mindst forskellige måder at bruge eller blive brugt på i disse.